熒光顯微鏡是以紫外線為光源， 用以照射被檢物體， 使之發出熒光， 然后在顯微鏡下觀察物體的形狀及其所在位置。用于研究細胞內物質的吸收、運輸、化學物質的分布及定位等。細胞中有些物質，如葉綠素等，受紫外線照射后可發熒光；另有一些物質本身雖不能發熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經紫外線照射亦可發熒光，熒光顯微鏡就是對這類物質進行定性和定量研究的工具之一。
采用新型LED作為光源，提供高品質、穩定性的熒光照明，遠優于傳統的汞燈照明。此外，多波段LED光源可選，并可控制每一個LED的亮度，可以實現多波長的選擇激發，便捷、。
熒光顯微鏡在醫藥、生物、農牧、礦產、工業、環保、法醫、商檢、糧食、地質眾多領域，用途日趨廣泛，使用方法如下：
1、打開燈源，超高壓汞燈要預熱幾分鐘才能達到亮點。
2、熒光顯微鏡需在燈源與聚光器之間裝上所要求的激發濾片，在物鏡的后面裝上相應的阻斷濾片。需在光路的插槽中插入所要求的激發濾片／雙色束分離器／阻斷濾片的插塊。
3、用低倍鏡觀察，根據不同型號熒光顯微鏡的調節裝置，調整光源中心，使其位于整個照明光斑的中央。
4、放置標本片，調焦后即可觀察。 使用中應注意：末裝濾光片不要用眼直接觀察，以免引起眼的損傷；用油鏡觀察標本時，必須用無熒光的特殊油鏡；高壓汞燈關閉后不能立即重新打開，需經5分鐘后才能再啟動，否則會不穩定，影響汞燈壽命。
